Được thành lập theo quyết định 1236/GDĐT của bộ GD & ĐT ngày 30/3/1996 trên cơ sở tách ra từ Trường ĐH Tổng hợp TPHCM để tham gia vào ÐH Quốc gia TPHCM. ĐH Quốc gia TP.HCM là một đại học đa lãnh vực, được chính phủ đầu tư đặc biệt về tài chánh và tạo điều kiện về cơ chế nhằm đi đầu trong chất lượng, phương pháp giảng dạy tiên tiến, đẩy mạnh khoa học công nghệ và hỗ trợ nguồn cán bộ khoa học cho các trường Đại học phía Nam.

Trường đào tạo các văn bằng: Cử nhân hệ cao đẳng, Cử nhân khoa học theo 7 ngành, Cử nhân 2, Thạc sĩ khoa học và Tiến sĩ. Mỗi năm có trên 2.000 cử nhân và gần 80 Thạc sĩ – Tiến sĩ ra trường, cung cấp đội ngũ cán bộ khoa học tự nhiên cho xã hội.

Các năm qua, Trường được nhà nước đầu tư kinh phí xây dựng các nhành mũi nhọn như: Công nghệ Thông tin, Công nghệ Sinh học, Khoa học vật liệu với các phòng thí nghiệm có thiết bị hiện đại. Trường có mối quan hệ với 63 tổ chức, đơn vị trong nước và 41 trường đại học, tổ chức quốc tế.

Trong năm 2007, theo đánh giá của Webometrics, (http://www.webometrics.info/ một tổ chức chuyên nghiên cứu sắp hạng các trường đại học trên thế giới), trường ĐH Khoa học Tự nhiên – ĐH Quốc gia HCM là trường trường đại học hàng đầu của Việt Nam và xếp hạng 33 trong số 100 trường đại học hàng đầu Đông Nam Á.

Đặc biệt trong lĩnh vực Công nghệ Thông tin, Trường ĐH Khoa học Tự nhiên tự hào là cơ sở đào tạo hàng đầu của cả nước, tính trên cả qui mô và chất lượng đào tạo. Trường được mạng lưới AUN - hiệp hội các trường ĐH khu vực Đông Nam Á kiểm định và chấm điểm cao nhất cho ngành CNTT. 74% sinh viên ngành CNTT của Trường có việc làm ngay sau khi ra Trường.